Program pascasarjana USK meliputi magister, doktor, dan program pendidikan dokter spesialis. Beberapa program studi memiliki situs sendiri dan akan terbuka di tab baru.
Magister
- Ilmu Ekonomi
- Manajemen
- Ilmu Keperawatan
- KSDL
- Ilmu Hukum
- Akuntansi
- Pendidikan Bahasa Inggris
- Pendidikan dan Sastra Indonesia
- Teknik Kimia
- Teknik Sipil
- Teknik Elektro
- Teknik Mesin
- Pendidikan Olahraga
- Kesehatan Masyarakat Veteriner
- PSPT
- Ilmu Kebencanaan
- Pendidikan Biologi
- Matematika
- Pendidikan IPA
- Pendidikan Matematika
- Administrasi Pendidikan
- Agroekoteknologi
- Agribisnis
- Kimia
- Teknik Industri
- Biologi
- Fisika
- Teknik Industri Pertanian
- Pengelolaan Sumberdaya Pesisir Terpadu
Program Pendidikan Dokter Spesialis
- Ilmu Bedah
- Penyakit Dalam
- Ilmu Kebidanan & Penyakit Kandungan
- Ilmu Kesehatan Anak
- Neurologi (Saraf)
- Pulmonologi dan Kedokteran Respirasi (Paru)
- Ilmu Kesehatan THT-KL
Doktor
- Ilmu Ekonomi
- Ilmu Hukum
- Ilmu Manajemen
- Ilmu Pertanian
- Ilmu Teknik
- Ilmu Pendidikan IPS
- Matematika dan Aplikasi Sains (DMAS)
- Doktor Sains Veteriner (PS-DSV)